Stage Master 2 ou diplôme d'ingénieur Biologie/Ecologie/Agronomie/Halieutique (H/F) - Nantes - IFREMER

Publiée le: 11/7/2019

Résumé de l'offre

  • Type de contrat:
    Stage
  • Lieu:
    Nantes
  • Publiée le:
    11/7/2019

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Stage Master 2 ou diplôme d'ingénieur Biologie/Ecologie/Agronomie/Halieutique (H/F)

Référence du poste : PV-2019-711

Structure d'accueil : Département Oceanographie et Dynamique des Ecosystemes

Service Valorisation de l’Information pour la Gestion Intégrée et la Surveillance

Localisation :  Nantes, Pays de la Loire, FR

Durée du contrat : 6 mois

 

Date de clôture de réception de candidatures : 28/11/2019

 

 

L’Institut

Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer, a pour mission de contribuer à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissance, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.

L'Institut est structuré en quatre composantes principales :

  • une composante scientifique et technologique organisée en quatre départements ;
  • l’appui à la recherche organisé en cinq directions fonctionnelles (ressources humaines, affaires juridiques et financières, innovation, communication, affaires internationales et européennes) et en une agence comptable ;
  • une composante territoriale organisée en cinq centres (Bretagne, Méditerranée, Mer Manche du Nord, Atlantique, Pacifique) ;
  • la direction de la flotte océanographique française en charge de cette très grande infrastructure de recherche.

Aujourd’hui, l’Institut compte environ 1 500 collaborateurs.

 

Description de l'offre:

Le service Valorisation de l’Information pour la Gestion Intégrée Et la Surveillance (VIGIES) assure un appui aux politiques publiques de gestion du milieu marin, et un soutien opérationnel et méthodologique aux unités en charge de l’observation et de la surveillance du littoral.

Cette mission se décline en trois grands ensembles :

  • coordination de l’expertise scientifique apportée en appui aux politiques publiques de protection et de gestion du milieu marin côtier, pour la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) et la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) notamment, coordination de la surveillance de l’état du milieu mis en œuvre par l’Ifremer dans ce contexte, et coordination opérationnelle du Réseau d’observation et de surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie (REPHY).
  • gestion des données : le service a la responsabilité de la maîtrise d’ouvrage du Système d’Information (SI) Quadrige, banque nationale de données des réseaux littoraux et Directive Cadre sur l’Eau. Le service est en charge des évolutions de ce SI, l’administre et en assure la conformité avec les normes d’assurance qualité et d’échanges standardisés nationaux et européens,
  • valorisation des données de l’observation et de la surveillance : tant au niveau grand public, qu’institutionnel et scientifique, le service répond à la demande nationale et européenne en matière d’analyse et de diffusion, dans l’esprit de la convention d’Aarhus.

La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (Directive 2008/56/CE, DCSMM) engage la France à atteindre ou maintenir le bon état écologique (BEE) de ses eaux marines métropolitaines (EC, 2008). Le bon état écologique, défini autour de 11 descripteurs, correspond à un bon fonctionnement des écosystèmes permettant un usage durable du milieu marin. Pour atteindre cet objectif dans chacune des 4 sous-régions marines françaises, un plan d’action est élaboré dont un des volets nécessite la réalisation d’une évaluation de l’état écologique tous les 6 ans. Les populations de poissons constituent une composante de l’écosystème marin qu’il est nécessaire d’évaluer sous le prisme de la diversité biologique (Descripteur 1 – D1) mais également sous celui de l’exploitation par la pêche (Descripteur 3 – D3). L’évaluation d’un descripteur repose sur le renseignement de plusieurs critères par des méthodes quantitatives ou qualitatives le cas échéant (EC, 2017). La disponibilité des données, en qualité et quantité suffisante, permet le calcul d’indicateurs d’état ou de pression et le développement de valeurs seuils définissant le BEE.

Sujet de stage : Analyse des indicateurs en lien avec les caractéristiques démographiques des populations de poissons des façades métropolitaines françaises dans le cadre de la DCSMM

Pour répondre à ses obligations, la France a chargé l’Ifremer de conduire les travaux d’évaluation de l’état écologique pour certains groupes de poissons du Descripteur 1 et pour le Descripteur 3 (Brind’Amour et Delaunay, 2018 ; Foucher et Delaunay, 2018). Au cours de la dernière évaluation du bon état écologique réalisée en 2018, les poissons ont été évalués, dans le cadre du D1, sur la base de l’évolution de l’abondance d’une sélection de poissons sensibles à la pression de pêche (critère D1C2 – Abondance des populations). Pour le D3, les travaux reposent sur les évaluations de stocks disponibles (critères D3C1 – Mortalité par pêche et D3C2 – Biomasse du stock reproducteur). Aucune évaluation n’a été produite pour le troisième critère des descripteurs 1 (D1C3) et 3 (D3C3),qui vise à évaluer les caractéristiques démographiques des populations de poissons, qu’elles soient exploitées ou non. En effet, bien que les données soient disponibles et qu’il existe de nombreux indicateurs décrivant la structure en taille et en âge des poissons, à l’échelle de la population comme de la communauté, la définition d’un seuil du BEE n’a pas fait consensus au sein de la communauté scientifique européenne (ICES, 2017a).

La prochaine évaluation du BEE doit être livrée en 2024 et l’enjeu pour les critères D1C3 et D3C3 est de produire une analyse quantitative de l’état écologique des poissons et donc de proposer des indicateurs en lien avec les caractéristiques démographiques des populations de poissons. Les campagnes halieutiques conduites par l’Ifremer étudient les communautés de poissons benthiques, démersaux et pélagiques depuis plusieurs décennies sur les façades Manche, Atlantique et Méditerranée. Les données en taille et en âge, bancarisées dans le Système d’Information Halieutique (SIH), permettent de calculer de nombreux indicateurs décrivant les caractéristiques démographiques des poissons.

Objectifs et questions

L’objectif de ce stage est de calculer, pour chaque façade (Manche, Atlantique et Méditerranée) et chaque catégorie de poissons (bentho-démersal, pélagique, sensible à la pression de pêche), une sélection d’indicateurs susceptibles de renseigner le D1C3 et le D3C3, sur la base des travaux du groupe de travail WKIND3.3 du CIEM (ICES, 2016 ; ICES, 2017b), des approches développées dans le cadre de la Convention OSPAR (Typical Length, Large Fish Index) et des indicateurs inclus dans les travaux du SIH-campagne (Lmax, Linf, proportion de grands poissons, ...). Ce travail d’analyse sera réalisé afin de répondre aux questions suivantes : Quels sont les indicateurs populationnels les plus informatifs ? Les indicateurs à l’échelle de la communauté sont-ils complémentaires aux indicateurs populationnels ? Les interprétations issues des indicateurs sont-elles transposables d’une façade à l’autre ? D’une catégorie à l’autre ? Ils permettront à terme de lancer une réflexion autour de la définition de valeurs seuils du BEE. Afin de répondre à ces questions, le stagiaire devra prendre en main les données bancarisées dans le SIH, utiliser les scripts disponibles sous le logiciel R et interpréter les séries temporelles produites.

Références dans le texte

Brind'AmourAnik, Delaunay Damien (2018). Evaluation de la composante de l’écosystème « Poissons et céphalopodes » du descripteur 1 « Biodiversité » en France métropolitaine. Rapport scientifique de l'Ifremer pour l’évaluation 2018 au titre de la DCSMM. R.RBE/EMH-2018-01 .https://archimer.ifremer.fr/doc/00458/57007/

European Commission (EC) (2008). Directive 2008/56/EC of the European Parliament and of the Council of 17 June 2008 establishing a framework for community action in the field of marine environment policy (Marine Strategy Framework Directive). Official Journal of the European Union, 25.6.2008 L 164: 19–40.

European Commission (EC) (2017). Commission decision (EU) 2017/848 of 17 May 2017 laying down criteria and methodological standards on good environmental status of marine waters and specifications and standardised methods for monitoring and assessment, and repealing Decision 20110/477/EU.Official Journal of the European Union, 18.5.2017 L 125/43.

Foucher Eric, Delaunay Damien (2018). Evaluation du descripteur 3 « espèces exploitées à des fins commerciales » en France métropolitaine. Rapport scientifique pour l’évaluation 2018 au titre de la DCSMM - R.RBE/HMMN/RHPEB-2018-01 .https://archimer.ifremer.fr/doc/00458/57009/

ICES (2016). Report of the Workshop on Guidance on Development of Operational Methods for the Evaluation of the MSFD Criterion D3.3 (WKIND3.3i), 14–17 March 2016, Copenhagen, Denmark. ICES CM 2016/ACOM:44. 99 pp.

ICES (2017a). EU request to provide guidance on operational methods for the evaluation of the MSFD Criterion D3C3 (second stage 2017). In Report of the ICES Special Request Advice, 2017. ICES Advice 2017, sr.2017.07.

ICES(2017b). Report of the Workshop on Guidance on Development of Operational Methods for the Evaluation of the MSFD Criterion D3.3 (WKIND3.3ii), 1–4 November 2016, Copenhagen, Denmark. ICES CM 2016/ACOM:44. 145 pp.

 

 

 

Profil recherché

Etudiant.e de Master 2 ou école d’ingénieur en biologie et écologie ou en agronomie/sciences halieutiques.

Compétences essentielles en traitement et analyse de données, ainsi qu’en programmation sous R.

 

 

Stage obligatoire de fin d'études de 6 mois (janvier à juin 2020)

35h/semaine

Indemnité de stage : 600€ bruts mensuels

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 28/11/2019

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