Alternance - Ingénieur en microbiologie et biologie moléculaire (H/F) - Nantes, Pays de la Loire, FR - IFREMER

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Alternance - Ingénieur en microbiologie et biologie moléculaire (H/F)

Référence du poste : PV-2024-1470

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Unité de recherche Microbiologie, Aliments, SAnté, Environnement

Laboratoire Ecosystemes microbiens et molecules marines pour les biotechnologies

Localisation :  Nantes, Pays de la Loire, FR

Durée en mois : 2 ans

Date de clôture de réception de candidatures : 29/04/2024

Description de l'offre:

L’unité MASAE (Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement, https://masae.ifremer.fr/)s’intéresse aux écosystèmes microbiens et aux microorganismes marins (virus et bactéries) à travers trois axes scientifiques : (i) dynamique des écosystèmes microbiens littoraux, (ii) impact sur la sécurité sanitaire des aliments d’origine marine (iii) valorisation des ressources microbiologiques marines (bactéries) dans divers secteurs tels que l’agro-alimentaire, la santé humaine et le bien-être. Elle est composée de deux laboratoires : EM³B et LSEM.

Au sein du laboratoire EM³B (environ 20 personnes), vous participerez l’étude de l’impact d’une technologie naturelle de biocontrôle (biopréservation), sur les communautés de bactéries marines présentes dans les produits de la mer. Vous participerez à la fois aux analyses d’échantillons et au développement de plusieurs nouvelles méthodes de biologie moléculaire.

Missions principales :

Dans le cadre des projets nationaux et européens en cours, vous participerez aux analyses des échantillons de microbiote de produits de la mer :

• Réalisation de challenges-test sur produit de la mer en présence de bactéries pathogènes (microbiologie classique)
• Suivi de la dynamique du microbiote des échantillons (extraction d’ADN, séquençage metabarcoding 16S et qPCR)
• Traitement des données de séquençage (bioinformatiques)

Activités principales :

En parallèle, vous participerez au développement et à la mise en place de nouvelles méthodes d’analyses en biologie moléculaire. Dans ce cadre, vous serez amené.e à :

• Optimiser des méthodes d’extraction et d’analyse des acides nucléiques (ADN, ARN) sur des cultures pures ou sur des matrices alimentaires pour des analyses en génomique, métagénomique, transcriptomique et métatranscriptomique.

• Développer de nouveaux outils moléculaires pour la détection et la quantification spécifiques de souches, d'espèces ou de populations bactériennes, notamment par qPCR classique et qPCR haut-débit (Fluigdim Biomark).

• Développer de nouveaux outils moléculaires pour le suivi de l’expression de gènes par RT-qPCR.

• Participer à l’analyse bioinformatique et biostatistiques de données biologiques

• Rédiger des protocoles expérimentaux selon les procédures du laboratoire

Profil recherché

Contrat en alternance pour la préparation d'un diplôme de Master en microbiologie / biologie moléculaire

Compétences techniques / métiers (savoirs, savoirs faire) :

• Biologie moléculaire : extraction d’ADN, ARN, PCR, qPCR, RT-qPCR, metabarcoding, autres méthodes -omiques
• Microbiologie : Culture bactérienne, gestion des souches et autres ressources génétiques avec le système LIMS (Labcollector)
• Bioanalyses : utilisation d’outils bioinformatiques pour l’analyse de séquences nucléiques
• Biostatistiques : Traitements statistiques des données (notamment via R, R studio)
• Tenue du cahier de laboratoire électronique (Labcollector)
• Qualités rédactionnelles (fiches de protocoles, compte-rendu des résultats…)

Qualités personnelles (savoir-être) :

• Rigueur
• Organisation
• Curiosité
• Esprit d’équipe

Conditions de travail

Contrat d'apprentissage ou de professionnalisation d'une durée de deux ans, à définir en fonction des modalités de l'alternance proposées par l'école

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. L'institut est placé sous la tutelle du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la mer et du ministre chargé de l'environnement.

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 29/04/2024

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.