Thèse : Matrice extracellulaire d’origine marine : vers un modèle de culture cellulaire 3D pour le criblage de molécules thérape - Nantes, Pays de la Loire, FR - IFREMER

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Thèse : Matrice extracellulaire d’origine marine : vers un modèle de culture cellulaire 3D pour le criblage de molécules thérapeutiques (Marcell-3D) (H/F)

Référence du poste : PV-2024-1467

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Unité de recherche Microbiologie, Aliments, SAnté, Environnement

Laboratoire Ecosystemes microbiens et molecules marines pour les biotechnologies

Localisation :  Nantes, Pays de la Loire, FR

Durée en mois : 36

Date de clôture de réception de candidatures : 15/05/2024

Description de l'offre:

Le laboratoire Ecosystèmes Microbiens et Molécules Marines pour les Biotechnologies (EM3B) contribue au développement de la connaissance et à la valorisation des ressources biologiques marines par les biotechnologies. D’une part, il a un savoir-faire en production d’exopolysaccharides (EPS), ainsi qu’en préparation et caractérisation des dérivés issus de ces macromolécules afin d’obtenir des molécules dites glycosaminoglycane-mimétiques présentant un fort potentiel en santé (ingénierie tissulaire, cancérologie). D’autre part, le laboratoire EM3B étudie les bactéries bioprotectrices afin d’empêcher le développement sur des produits de la mer de bactéries indésirables comme les agents pathogènes pour l’homme ou les bactéries responsables de l'altération organoleptique (biopréservation). https://em3b.ifremer.fr/EM3B-en-bref.

Les modèles de culture tridimensionnelle (3D) en cancérologie constituent des outils pertinents pour le criblage de molécules thérapeutiques. Par la reconstruction de l’environnement tumoral complexe, ces modèles in vitro permettent d’augmenter les chances d’identifier de nouveaux candidats médicaments et ainsi de réduire le nombre de tests précliniques animaux. Le modèle 3D le plus utilisé en cancérologie est la culture de lignées de cellules cancéreuses en sphéroïdes ou de cellules issues de cultures primaires en organoïdes. Afin de mimer davantage le milieu extracellulaire environnant, ces cultures 3D peuvent être intégrées au sein de matrices fortement hydratées, constituées de polymères synthétiques ou naturels, appelées hydrogels. Par ses propriétés biologiques et mécaniques, les hydrogels influencent les processus cellulaires, telles que la viabilité, la migration, la prolifération, la différenciation et l’adhérence. Ainsi, afin de maîtriser le comportement cellulaire, il est indispensable de disposer de matrices extracellulaires artificielles aux propriétés fonctionnelles bien établies.

Dans ce contexte, l’objectif de la thèse est de développer une matrice extracellulaire artificielle standardisée 3D aux propriétés physico-chimiques et mécaniques contrôlées pour étudier les réponses de cellules cancéreuses encapsulées à de nouvelles approches thérapeutiques. Pour déterminer l’impact de la matrice établie sur la viabilité, la morphologie, la prolifération, la différenciation et la sensibilité aux drogues, des cellules cancéreuses et des cellules de leur environnement (cellules stromales, cellules immunitaires) formées par les cancers du poumon, pancréas, sein et os seront encapsulées dans les hydrogels formulés. La matrice permettant le développement optimal et reproductible des réponses cellulaires sera sélectionnée pour le criblage des molécules thérapeutiques utilisées en oncologie (immunothérapie, chimiothérapie).

Le programme de la thèse est organisé en 2 grandes étapes : L’étape (1) est dédiée à la formulation des hydrogels à base d’EPS de la collection Ifremer et de collagène marin, et à leurs caractérisations physico-chimiques et mécaniques. Différents paramètres (rapport EPS/collagène, concentrations, poids moléculaire) seront étudiés pour obtenir des hydrogels homogènes et stables en milieu de culture cellulaire. L’impact de la composition des hydrogels sur leurs propriétés physico-chimiques et mécaniques sera ensuite déterminé par Microscopie de Force Atomique (AFM) en milieu physiologique. L’étape (2) est consacrée à la préparation et à l’encapsulation des cellules cancéreuses dans les matrices, suivies de la caractérisation des propriétés cellulaires en réponses à divers traitements. Les cultures cellulaires réalisées en 3D permettront de cribler différents agents thérapeutiques seuls ou en combinaison.

Hydrogel, propriétés mécaniques, activités cellulaires, cancer, molécule thérapeutique.

Profil recherché

• Master 2 en physico-chimie de polymères ou de biomatériaux, biologie cellulaire.
• Compétences en techniques de caractérisation de biomatériaux.
• Très bon niveau en anglais à l’oral et à l’écrit.

Conditions de travail

• Dans la première année du doctorat, le(la) doctorant(e) travaillera sur le développement et la caractérisation physico-chimique des matrices EPS-collagène à l’Ifremer. La caractérisation des propriétés mécaniques par AFM sera réalisée en parallèle à l’Institut des Matériaux de Nantes Jean Rouxel (IMN) (co-directeur Stéphane Cuenot). La deuxième année et le début de la troisième année de doctorat consacrées à l’encapsulation des cellules cancéreuses dans les matrices, suivies de la caractérisation des propriétés cellulaires en réponses à divers traitements, seront réalisées à l’UMR 6286 US2B et l’Institut de Cancérologie de l’Ouest à Nantes (co-encadrant Javier Munoz-Garcia).
• Les contrats doctoraux proposés par l’Ifremer ouvrent droit, pour une durée de 3 ans, à une rémunération forfaitaire mensuelle brute égale à 2300 euros brut, non cumulable avec d’autres bourses d’étude.

Le dossier de candidature doit comprendre :

• un CV
• une lettre de motivation
• une lettre de référence
• un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)

L’ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 2 documents.PDF. Chaque document pouvant aller jusqu'à 3 MB.

Nous vous invitons à déposer en parallèle votre dossier auprès de l’Ecole doctorale : VAAME (https://theses.doctorat-bretagneloire.fr/).

La date limite pour la remise des candidatures est le 15 mai 2024. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet : Agata.Zykwinska@ifremer.fr

Les contrats des doctorants démarreront à compter du 1er octobre 2024, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l’Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d’ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. L'institut est placé sous la tutelle du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la mer et du ministre chargé de l'environnement.

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 15/05/2024

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.