Thèse : MicroCOSMA : Variabilité saisonnière et multidécennale des communautés microbiennes dans les écosystèmes côtiers de la - Brest / Nouméa - IFREMER

Publiée le: 2/22/2021

Résumé de l'offre

  • Type de contrat:
    Contrat d’aide à la formation par la recherche
  • Type d'offre:
  • Publiée le:
    2/22/2021

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Thèse : MicroCOSMA : Variabilité saisonnière et multidécennale des communautés microbiennes dans les écosystèmes côtiers de la Nouvelle Calédonie en relation avec les forçages anthropiques (H/F)

Référence du poste : PV-2021-884

Structure d'accueil : Département Oceanographie et Dynamique des Ecosystemes

Unité de recherche Dynamique des Ecosystèmes Côtiers

Laboratoire Ecologie Pelagique

Localisation :  Brest, Bretagne, FR

Durée du contrat : 3 ans

 

Date de clôture de réception de candidatures : 02/05/2021

 

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Description de l'offre:

La thèse de doctorat se déroulera à 50% au sein de l’unité DYNECO (https://wwz.ifremer.fr/dyneco/) de Plouzané (Centre de Bretagne) et à 50% au sein de l’unité LEAD (https://wwz.ifremer.fr/Glossaire-et-acronymes/Significations-des-acronymes/LEAD-NC), de Nouméa (Centre de Nouvelle Calédonie). Le laboratoire DYNECO/Pelagos a pour objectif l’étude de l’écologie de l’écosystème pélagique côtier, et plus précisément des cycles des nutriments et du phytoplancton, notamment des algues toxiques, et de leurs réponses à l’impact des activités anthropiques. L'unité LEAD développe des compétences en aquaculture de crustacés, de poissons et de micro-algues et s’intéresse à l'environnement littoral et la biodiversité associée. A Plouzané, l'étudiant/e sera encadré/e pour la partie écologie moléculaire et paléogénétique (eDNA) de la thèse et bénéficiera de la collaboration et de l'aide du service de bioinformatique SeBiMer de l’Ifremer. Pendant le séjour en NC, des échantillons de carottes de sédiments et potentiellement de nouveaux échantillons d'ADNe seront collectés en profitant de l'expérience et des installations de l'équipe LEAD pour les échantillonnages environnementaux. Le doctorat sera formé aux analyses génétiques par des techniciens et chercheurs de l'équipe LEAD à Nouméa et Saint-Vincent, avec la collaboration de l'équipe DYNECO.

 



Résumé de la thèse

Le lagon de Nouvelle-Calédonie présente une biodiversité marine exceptionnelle qu'il faut préserver face aux forts enjeux environnementaux liés au développement du territoire. L'industrie minière et l'urbanisation côtière représentent une menace pour la biodiversité marine en augmentant les apports de matière organique et de contaminants dans les systèmes côtiers. Les impacts potentiels des apports terrestres sur la diversité et la structure des communautés de microorganismes marins ne sont pas clairement définis aux échelles spatiales et temporelles. En associant des approches de génomique environnementale (ADNe), hydrologie côtière et géochimie, le PhD visera à comprendre les impacts de l'activité humaine sur les communautés microbiennes sous trois perspectives complémentaires. (1) L'évaluation des variations de la structure des communautés microbiennes entre la saison sèche et humide dans les écosystèmes estuariens des bassins versants sous influence minière. (2) L'analyse des changements des communautés microbiennes qui ont eu lieu au cours du siècle dernier parallèlement au développement de l'industrie minière via l’analyse de paléoarchives sédimentaires (ADNsed et métaux lourds). (3) L'évaluation de l'arrivée et/ou de la recrudescence des efflorescences de micro-organismes potentiellement nuisibles en relation avec le développement des activités humaines

 



Mots-clés

Ecologie côtière, impacts des rivières, impacts anthropiques, pollutions, microbiologie environnementale, ADN environnemental, paleoécologie-paleogénétique, Nouvelle Calédonie, gestion côtière, metabarcoding

 

 

Profil recherché

  • Le/a candidat/e doit être en possession d’un Master en Ecologie/biologie Marine ou Microbiologie. 

 

Compétences spécifiques :

  • connaissance en diversité, génétique et écologie des microorganismes marins ;
  • techniques d’analyses génétiques (Extraction d’ADN, PCR, séquençage NGS)  
  • gestion et analyses des données de metabarcoding ;
  • biostatistique (logiciel R) ;
  • très bonne connaissance de l’anglais ;
  • attitude au travail en mer et en équipe ;
  • disponibilité à la mobilité en outre-mer ;
  • intérêt pour la gestion des zones côtières.

 

 

 



Conditions de travail

 

  • Mobilité entre la métropole (1,5 ans à Brest) et le Nouvelle Calédonie (1,5 ans à Nouméa)
  • Travail en mer sur des navires côtiers

 

Véritable opportunité de travailler sur les thématiques prioritaires de l’Ifremer, les contrats doctoraux proposés par l’Ifremer ouvrent droit, pour une durée de 3 ans, à une rémunération forfaitaire mensuelle brute égale à 1900 euros, non cumulable avec d’autres bourses d’étude.

 



Comment postuler ?

Le dossier de candidature doit comprendre :

  • un CV
  • une lettre de motivation
  • une lettre de référence
  • un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)

L’ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 2 documents.PDF. Chaque document pouvant aller jusqu'à 1.5 MB.

Si vous rencontrez un problème pour joindre vos documents, merci de déposer votre CV sur ce site (Pour que nous puissions assurer le suivi, cette démarche est obligatoire pour la prise en compte de votre candidature) et d’envoyer votre dossier par au directeur de thèse : raffaele.siano@ifremer.fr; hugues.lemonnier@ifremer.fr

 

La date limite pour la remise des candidatures est le 2 mai 2021. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet.

Les contrats des doctorants démarreront à compter du 1er octobre 2021, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l’Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d’ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 02/05/2021

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.