Thèse en Bioinformatique/Génomique (H/F) - Montpellier, Occitanie, FR - IFREMER

Publiée le: 3/30/2021

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Thèse en Bioinformatique/Génomique (H/F)

Référence du poste : PV-2021-931

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Localisation :  Montpellier, Occitanie, FR

Durée du contrat : 3 ans

 

Date de clôture de réception de candidatures : 17/04/2021

 

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Description de l'offre:

Le/La doctorant.e sera bi-localisé.e au sein du laboratoire Ifremer MARBEC de Montpellier (France) et du CNRS – EPHE CRIOBE (Polynésie française). L’UMR MARBEC étudie la biodiversité marine des écosystèmes lagunaires, côtiers et hauturiers, principalement méditerranéens et tropicaux. Ses recherches portent sur différents niveaux d’intégration, des aspects moléculaires, individuels, populationnels et communautaires, aux usages et à la conservation de cette biodiversité par l’Homme.  Le CRIOBE est l’un des plus éminents laboratoires français pour l’étude des écosystèmes coralliens.  Ses activités s’exercent à travers de multiples disciplines - l'écologie, la génétique, la chimie - sur deux sites géographiques principaux, le campus de l’Université de Perpignan en France et la station de terrain sur l’île de Moorea en Polynésie Française.

 

 



Résumé de la thèse

 

Contexte du projet

 

                    La production huître perlière, Pinctada margaritifera, est la filière aquacole la plus importante sur le plan commercial en Polynésie française. En effet, depuis 1970, la perliculture est devenue une ressource économique majeure en Polynésie française, produisant jusqu'à 8 000 kg de perles par an. Depuis plusieurs années, des projets de recherche multidisciplinaires ont été menés sur les différentes populations (exploitée ou naturelles) de P. margaritifera présentes dans les lagons de Polynésie française et la caractérisation biogéochimique de ces lagons.

                    Par ailleurs, les huîtres perlières du genre Pinctada sont présentes à l’échelle de l’Océan Pacifique et sont distribuées dans des environnements contrastés, qui s’échelonnent de la Nouvelle-Calédonie jusqu’au Japon, en zone tropicale et en zone plus tempérée. Les différentes populations sont donc présentes dans différents régimes de température, bien que la plupart se situent à l’intérieur de lagons. L’espèce P. margaritifera est géographiquement la plus largement distribuée, et vit préférentiellement en zone subtidale lagonaire, sur les massifs coralliens où la température et le régime de courantologie ne varient pas de manière importante. Certaines populations se retrouvent cependant en zone intertidale, dans des flaques à 34°C, ou sur substrat rocheux en mer ouverte, comme aux Marquises. L’optimum thermique (assurant les meilleures conditions de reproduction, de croissance et de maintenance physiologique) a été mesuré pour P. margaritifera autour de 29°C. De ce fait, la persistance de l’espèce dans des habitats dépassant fréquemment cette température, voir dans des habitats à forte variation de température (zone intertidale) pourrait indiquer la présence d’une adaptation aux conditions locales.

                    De par leur distribution à grande échelle dans des environnements contrastés, les populations de P. margaritifera dans le bassin Pacifique et en Polynésie sont particulièrement intéressantes pour étudier des processus d’adaptation à micro et macro-échelles. Ces thématiques sont jugées prioritaires par le gouvernement polynésien pour optimiser et rendre pérenne l’activité de perliculture en Polynésie. La thèse proposée traitera des problématiques suivantes :

 

  • Optimiser l’exploitation et la gestion de la diversité génétique des ressources en Polynésie française ;
  • Estimer les limites de connectivité génétique inter-archipels et le statut des stocks sauvages de margaritifera (Andréfouët et al., 2016 ; Reisser et al., 2019);
  • Estimer les potentiels adaptatifs au sein du genre Pinctada à l’échelle de plusieurs bassins océaniques.

 

Les missions principales du/de la doctorant.e 

  • Définir la connectivité des populations des espèces de Pinctada en Polynésie ; Il s’agira d’utiliser des approches génétiques en complément de modèles hydrodynamiques précédemment établis pour compléter les matrices de connectivité inter-îles et archipels. In fine, ces données serviront à identifier des panels de sites permettant le suivi de la diversité des stocks en Polynésie
  • Explorer les variations génétiques adaptatives (données de génome entier) d’échantillons de Pinctada margaritifera issus du Pacifique (adaptation macro-échelle), ainsi d’échantillons provenant de la Polynésie française (adaptation micro-échelle), en les associant à des données environnementales, afin d’obtenir une liste de marqueurs génétiques candidats à l’adaptation thermique de l’espèce.
  • Explorer ces mêmes variations adaptatives à l’échelle de plusieurs espèces au sein du genre Pinctada, dans les différents bassins océaniques
  • Rédaction de publications scientifiques, et participation à des congrès internationaux.

 

 



Mots-clés

 

Génomique des populations, connectivité, adaptation, réchauffement climatique, écologie

 

 

Profil recherché



Profil

 

  • Master 2 en Biologie / Bio-informatique / Écologie
  • Le/La candidat(e) doit avoir de solides connaissances en analyse de données type « Big data ».
  • La maîtrise des outils bio-informatiques et de l’utilisation des clusters de calcul est fortement recommandée.
  • Une connaissance du contexte polynésien est un plus.
  • Le/La candidat(e) renforcera l’équipe de chercheurs impliqués dans le projet PinctAdapt (2019-2024)

Compétences techniques / métiers :

  • Maîtrise des environnements UNIX/LINUX, R ; connaissance de Python serait un plus.
  • Connaissances théoriques en génétique / génomique des populations ;
  • Esprit de synthèse.
  • Bonne capacité rédactionnelle (articles scientifiques)

 

Qualités personnelles :

  • Autonomie, ouverture d’esprit, initiative ;
  • Aptitude au travail en équipe ;
  • Rigueur ;
  • Aptitude aux embarquements.
 

 



Conditions de travail

 

  • Le/La doctorant.e sera bi-localisé.e au sein du laboratoire Ifremer MARBEC de Montpellier (France) et du CNRS – EPHE CRIOBE (Polynésie française). Un séjour d’un an en Polynésie pour la 2ème année de thèse est prévu.
  • Le/La doctorant.e participera aux missions de terrain et pourra être amené à être embarqué lors de missions océanographiques d’échantillonnage lors de son séjour en Polynésie.

 

Champs relationnels :

 

En interne : chercheurs et techniciens travaillant sur le projet PinctAdapt

En externe : Partenaires scientifiques et techniques du projet

 

Véritable opportunité de travailler sur les thématiques prioritaires de l’Ifremer, les contrats doctoraux proposés par l’Ifremer ouvrent droit, pour une durée de 3 ans, à une rémunération forfaitaire mensuelle brute égale à 1900 euros, non cumulable avec d’autres bourses d’étude.

 



Comment postuler ?

 

Le dossier de candidature doit comprendre :

  • un CV
  • une lettre de motivation
  • une lettre de référence
  • un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)

 

L’ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 2 documents PDF. Chaque document pouvant aller jusqu'à 1.5 MB.

 

Si vous rencontrez un problème pour joindre vos documents, merci de déposer votre CV sur ce site (Pour que nous puissions assurer le suivi, cette démarche est obligatoire pour la prise en compte de votre candidature) et d’envoyer votre dossier au directeur de thèse : celine.reisser@ifremer.fr

 

La date limite pour la remise des candidatures est le 17 Avril 2021. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet.

 

Les contrats des doctorants démarreront à compter du 1er octobre 2021, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l’Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d’ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 17/04/2021

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.