Thèse : Déterminisme génétique des mortalités chez les moules bleues (H/F) - La Tremblade, Nouvelle-Aquitaine, FR - IFREMER

Publiée le: 3/26/2021

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Thèse : Déterminisme génétique des mortalités chez les moules bleues (H/F)

Référence du poste : PV-2021-912

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Unité de recherche Santé Génétique et Microbiologie des Mollusques Marins

Laboratoire Génétique et Pathologique des Mollusques Marins

Localisation :  La Tremblade, Nouvelle-Aquitaine, FR

Durée du contrat : 3 ans

 

Date de clôture de réception de candidatures : 02/05/2021

 

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Description de l'offre:

Situé à La Tremblade, le laboratoire de génétique et pathologie des mollusques marins (LGPMM) est spécialisé dans les approches génétiques visant les génomes, la domestication et l’amélioration génétique des bivalves, et l’étude des maladies affectant les mollusques marins. En plus de ses infrastructures et équipements propres, un des atouts majeurs du LGPMM concerne les infrastructures dont il dispose sur la station de La Tremblade, notamment au sein de la plateforme de mollusques marins (PMM) pour produire et tester les lots expérimentaux nécessaires aux thématiques de recherche. Le LGPMM entretient de nombreuses collaborations avec des équipes nationales et internationales, de par son implication actuelle pour les projets ANR Decicomp, H2020 NewTechAqua ou encore EATFISH, projet H2020-MSCA-ITN-2020, dans lequel s’inscrit la thèse décrite ci-dessous.

 

 



Résumé de la thèse

EATFISH est un projet européen impliquant 13 partenaires, dont l’Ifremer, visant à former des chercheurs au profit de l’aquaculture. L’Ifremer accueillera un doctorant qui effectuera 6 à 8 mois de sa formation chez plusieurs des partenaires du projet. L’Ifremer participe au WP2 du projet lequel est dédié à l’aquaculture en focalisant sur la nourriture, la génétique, les maladies et les systèmes de production. Le sujet de la thèse proposé par l’Ifremer dans le cadre d’EATFISH aborde le déterminisme génétique des mortalités des moules bleues.

 

La mytiliculture française est basée sur la culture de deux espèces M. edulis et M. galloprovincialis, ainsi que leurs hybrides, naturellement présentes sur toutes les façades maritimes : Méditerranée, Atlantique et en Manche. Depuis 2014, des mortalités importantes touchent la filière mytilicole allant de la Charente-Maritime, Vendée, Loire Atlantique, jusqu’aux hauts de France.

Les premiers testages ont montré que les deux espèces et leurs hybrides étaient touchés par les épisodes de mortalités, avec des mortalités élevées pour M. edulis, intermédiaire pour les moules hybrides et plus faibles pour M. galloprovincialis. Une première génération de sélection massale a également permis de réduire de moitié les mortalités chez M. edulis, permettant de proposer des solutions à la filière pour diminuer les mortalités et donc réduire l’impact économique des pertes subies. La cause des mortalités reste encore à ce jour à préciser, et les testages couplant les approches terrains/infections expérimentales seront essentielles pour infirmer ou confirmer le rôle d’agents pathogènes. Parallèlement, la variation inter-individuelle de la qualité cytogénétique observée chez les moules en relation avec l’installation et la progression d’un processus néoplasique a aussi été montrée comme étant un facteur prépondérant dans le phénomène des mortalités anormales.

 

La thèse vise à étudier les déterminismes génétiques des mortalités anormales de moules bleues. Les objectifs sont :

  • de déterminer les paramètres génétiques (héritabilité et corrélations génétiques) des mortalités des moules chez les deux espèces de moules, et leurs hybrides,
  • produire une nouvelle génération de sélection massale et calculer la réponse à la sélection pour le caractère de la qualité cytogénétique,
  • produire des familles de edulis, M. galloprovincialis et des hybrides présentant des niveaux de résistances contrastées, et tester leurs descendances dans des sites de productions,

 

 



Mots-clés

Moules bleues, génétique, sélection, statut cytogénétique

 

 

 

Profil recherché

  • Master 2 en génétique, plus particulièrement en génétique quantitative. Qualité relationnelle, Maitrise de l’anglais indispensable et français (facultatif).
  • Le candidat ne doit pas avoir résidé ou effectué son activité principale (travail, études, etc.) en France plus de 12 mois au cours des trois dernières années.
 

 



Conditions de travail

 

  • Déplacement de 6 à 8 mois pendant la thèse chez des partenaires du projet EATFISH, notamment NOFIMA (Norvège) pour y suivre une formation sur les marqueurs génomiques de la résistance à des maladies chez les poissons, le sysaaf (France) pour l’exploitation de marqueurs génomiques.
  • Travail au laboratoire (cytométrie en flux, biologie moléculaire), en écloserie et sur estran,

 

 



Comment postuler ?

Le dossier de candidature doit comprendre :

  • un CV
  • une lettre de motivation
  • une lettre de référence
  • un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)

L’ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 2 documents.PDF. Chaque document pouvant aller jusqu'à 1.5 MB.

Si vous rencontrez un problème pour joindre vos documents, merci de déposer votre CV sur ce site (Pour que nous puissions assurer le suivi, cette démarche est obligatoire pour la prise en compte de votre candidature) et d’envoyer votre dossier par au directeur de thèse : Lionel.Degremont@ifremer.fr

 

La date limite pour la remise des candidatures est le 2 mai 2021. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet.

Les contrats des doctorants démarreront à compter du 1er octobre 2021, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l’Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d’ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).

 

 

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 02/05/2021

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.