Stage Master 2 Chimie de l'environnement (H/F) - Nantes - IFREMER

Publiée le: 11/6/2019

Résumé de l'offre

  • Type de contrat:
    Stage
  • Lieu:
    Nantes
  • Publiée le:
    11/6/2019

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Stage Master 2 Chimie de l'environnement (H/F)

Référence du poste : PV-2019-710

Structure d'accueil : Département Oceanographie et Dynamique des Ecosystemes

Service Valorisation de l’Information pour la Gestion Intégrée et la Surveillance

Localisation :  Nantes, Pays de la Loire, FR

Durée du contrat : 6 mois

 

Date de clôture de réception de candidatures : 28/11/2019

 

 

L’Institut

Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer, a pour mission de contribuer à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissance, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.

L'Institut est structuré en quatre composantes principales :

  • une composante scientifique et technologique organisée en quatre départements ;
  • l’appui à la recherche organisé en cinq directions fonctionnelles (ressources humaines, affaires juridiques et financières, innovation, communication, affaires internationales et européennes) et en une agence comptable ;
  • une composante territoriale organisée en cinq centres (Bretagne, Méditerranée, Mer Manche du Nord, Atlantique, Pacifique) ;
  • la direction de la flotte océanographique française en charge de cette très grande infrastructure de recherche.

Aujourd’hui, l’Institut compte environ 1 500 collaborateurs.

 

Description de l'offre:

Le service Valorisation de l’Information pour la Gestion Intégrée Et la Surveillance (VIGIES) assure un appui aux politiques publiques de gestion du milieu marin, et un soutien opérationnel et méthodologique aux unités en charge de l’observation et de la surveillance du littoral.

Cette mission se décline en trois grands ensembles :

  • coordination de l’expertise scientifique apportée en appui aux politiques publiques de protection et de gestion du milieu marin côtier, pour la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) et la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) notamment, coordination de la surveillance de l’état du milieu mis en œuvre par l’Ifremer dans ce contexte, et coordination opérationnelle du Réseau d’observation et de surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie (REPHY).
  • gestion des données : le service a la responsabilité de la maîtrise d’ouvrage du Système d’Information (SI) Quadrige, banque nationale de données des réseaux littoraux et Directive Cadre sur l’Eau. Le service est en charge des évolutions de ce SI, l’administre et en assure la conformité avec les normes d’assurance qualité et d’échanges standardisés nationaux et européens,
  • valorisation des données de l’observation et de la surveillance : tant au niveau grand public, qu’institutionnel et scientifique, le service répond à la demande nationale et européenne en matière d’analyse et de diffusion, dans l’esprit de la convention d’Aarhus.

La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) est déclinée dans le Plan d’Action pour le Milieu Marin (PAMM) en cinq éléments révisés tous les 6 ans : la définition du Bon État Écologique (BEE), l’évaluation de l’état du milieu marin, les objectifs environnementaux, les programmes de surveillance et les programmes de mesures. L’Ifremer apporte, en partenariat avec l’Agence Française pour la biodiversité, un appui scientifique et technique à la réalisation de l’ensemble de ces composantes. Le poste ouvert est concerné par deux aspects de cet appui : la coordination de l’expertise scientifique, au sein de l’Ifremer et dans d’autres organismes scientifiques, et la gestion des données qui alimentent cette expertise.

Sujet de stage : La contamination chimique des espèces halieutiques marines : analyse statistique de la variabilité et modélisation de la bioamplification dans le contexte de la mise en œuvre de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM).

Contexte général et problématique scientifique

Désormais, il apparaît que le fonctionnement des écosystèmes ne peut plus être dissocié de la dynamique des activités humaines (Vitousek et al. 1997). En effet, il est maintenant largement établi que, au cours des dernières décennies, les changements environnementaux aux échelles locales et globales menacent la pérennité même de ces écosystèmes en modifiant l'équilibre entre les activités humaines, la structure des communautés écologiques, les propriétés fondamentales et le fonctionnement global des écosystèmes (Leakey & Lewin 1996, Fox 2007, Brook et al. 2008 ; https://www.ipbes.net/global-assessment-report-biodiversity-ecosystem-services). Les conséquences écologiques de tels changements globaux sur les fonctions écologiques et, par conséquent, sur la fourniture de biens et services écologiques associés aux écosystèmes sont aujourd'hui au cœur des préoccupations de la société (Mooney et al. 2005, Solomon et al. 2007 ; https://www.ipbes.net/global-assessment-report-biodiversity-ecosystem-services). Parmi les facteurs des changements globaux, la contamination chimique des écosystèmes, combinant à la fois des enjeux environnementaux et de santé publique, est une préoccupation majeure. La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) a fait de la contamination chimique des espèces halieutiques un indicateur de l’état écologique du milieu marin. Or, pour évaluer de façon pertinente l’état écologique des écosystèmes en lien avec la contamination, il est nécessaire d’appréhender correctement la variabilité de cette contamination dans les organismes liée entre autre au niveau trophique des espèces (bioamplification) ainsi qu’à différents traits biologiques (maturité, taille, …).

Questions / Objectifs

Le stage s’inscrit dans le cadre du dispositif « Contamination chimique des réseaux trophiques » (CoRePh) mis en œuvre dans le programme de surveillance de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM). L’objectif de la DCSMM est d’atteindre et maintenir un bon état écologique (BEE) du milieu marin, défini par 11 descripteurs qualitatifs. L’objectif général du dispositif CoRePh est de répondre à une demande de suivi harmonisé des descripteurs 4 (réseaux trophiques), 8 (contaminants chimiques) et 9 (questions sanitaires) pour les différentes sous-régions marine françaises (SRM). Le déploiement de CoRePh repose sur l’optimisation des campagnes halieutiques, qui vise à collecter des données au large pour les besoins de la surveillance DCSMM. Dans le cadre de ce dispositif, les concentrations d’un panel de contaminants métalliques et organiques (historiques et d’intérêt émergents), ainsi que des traceurs trophiques (isotopes du carbone (C) et de l’azote (N)), et des éléments de biométrie sont mesurés individuellement chez des espèces de poissons et de céphalopodes d’écologie et de niveaux trophiques contrastés. L’analyse combinée de ces mesures vise à caractériser la variabilité de la contamination des organismes au regard des paramètres biotiques tels que le niveau trophique ou la taille des organismes et d’augmenter la pertinence des indicateurs D8 (contaminants chimiques) de la DCSMM. A partir des données disponibles, la question qui se pose est ainsi : « Comment évaluer au mieux la qualité du milieu marin au large au regard de la contamination chimique des espèces marines mobiles à partir d’échantillonnages hétérogènes intimement liés aux spécificités des systèmes ? ». Parmi l’ensemble des contaminants suivis dans CoRePh, le stage s’intéressera en première instance au mercure, un élément trace métallique bioamplifiable modèle.

Méthodologie - outils

Quatre jeux de données sont actuellement disponibles pour le stage (i.e. données issues de l’étude 2014-2015 sur l’ensemble des Sous-Régions Marines (SRM) françaises, ainsi que le jeu de données 2017 pour le Golfe du Lion), couvrant différents niveaux trophiques, différentes espèces et différentes SRM.

  • Une première étape sera de décrire les relations (linéaires multiples) existantes entre les concentrations en contaminants et les paramètres biotiques. Les relations observées pourront être interprétées au regard des connaissances fournies par l’utilisation d’un modèle trophique individu-centré (OSMOSE - Shin & Cury 2001). En effet, suivant les espèces suivies, les relations entre la taille et le niveau trophique peuvent être complexes, particulièrement pour les espèces benthiques (Travers-Trolet et al. 2019). Le travail sera réalisé sur les données disponibles en Méditerranée.
  • Une autre étape cruciale pour interpréter les données collectées sur des organismes de niveaux trophiques variés repose sur la possibilité de calculer des facteurs de bioamplification (ou magnification trophique - TMF) les plus pertinents possible. Un outil de modélisation permettant l’estimation de TMF à l’aide de données isotopiques et de contaminants chimiques a récemment été développé dans un cadre bayésien : EStimating Contaminants tRansfers Over Complex food webs (ESCROC)(Ballutaud et al. 2019). Cet outil sera testé sur les données disponibles sur les différentes façades. Pour l’utilisation de ce modèle, les données acquises par le dispositif CoRePh pourront être complétées par des données collectées dans le réseau des collaborateurs au dispositif et/ou par des données bibliographiques. Les données disponibles pouvant être hétérogènes, un des objectifs est de comparer l’applicabilité du modèle sur des jeux de données plus ou moins complexes, avec des données sur différents maillons trophiques.

Missions confiées :

  • Compilation du jeu de données pour chaque façade et ajout de données issues de programmes ou projets externes au dispositif
  • Tests statistiques (e.g. régressions linéaires multiples) sur les relations entre les concentrations en contaminants et les paramètres biologiques
  • Test du modèle ESCROC
  • Rédaction du rapport

Références bibliographiques

Ballutaud M et al.(2019) Sci Total Environ 658:638–649

Brook BW et al. (2008) Trends Ecol Evol 23:453–460

Folke C et al. (2005) In: Annual Review of Environment and Resources. Annual Reviews, Palo Alto, p 441–473

Fox D (2007) Science (80- ) 319:823–825

Leakey R, Lewin R (1996) The Sixth Extinction: Biodiversity and Its Survival. Phoenix

Mooney H et al.(2005) Millennium Ecosystem Assessment. Ecosystems and Human Well-being: Synthesis. Island Press, Washington, DC

Shin YJ, Cury P (2001) Aquat Living Resour 14:65–80

Solomon S et al. (2007) Climate change 2007: Synthesis Report. Contribution of Working Group I, II and III to the Fourth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Summary for Policymakers (S Solomon, D Qin, M Manning, Z Chen, M Marquis, KB Averyt, M Tignor, and HL Miller, Eds.).

Travers-Trolet M et al. (2019) Ecol Modell 410:108800

Vitousek PM et al. (1997) Science (80- ) 277:494–499

 

 

 

Profil recherché

Etudiant.e en Master 2 dans les domaines de la chimie/environnement

Compétences :

  • Bases solides en biostatistiques
  • Bonne maîtrise du logiciel R
  • Aisance à la rédaction
  • Capacités organisationnelles
  • De bonnes connaissances en écologie marine et/ou en chimie de l’environnement seront appréciées
 

 

Stage obligatoire de fin d'études de 6 mois (janvier à juin 2020)

35h / semaine

Indemnité de stage : 600€ bruts mensuels

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 28/11/2019

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