Post-doctorat en épidémiologie spatiale et phylodynamique (H/F) - La Tremblade, Nouvelle-Aquitaine, FR - IFREMER

Publiée le: 2/11/2024

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Post-doctorat en épidémiologie spatiale et phylodynamique (H/F)

Référence du poste : PV-2023-1352

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Unité de recherche Adaptation et Santé des Invertébrés Marins

 

Localisation :  La Tremblade, Nouvelle-Aquitaine, FR

Durée en mois : 18 mois

 

Date de clôture de réception de candidatures : 03/03/2024

 

 

Description de l'offre:

Présentation de la structure d'accueil

 

L’unité Adaptation Santé des Invertébrés Marins (ASIM) mène des projets relatifs à :

1) l’étude des maladies affectant les mollusques marins,

2) la détection et l’étude des émergences de maladies 

3) l’adaptation des hôtes à ces maladies (apparition de la résistance et déterminisme associés).

L’unité ASIM est un lieu d’intégration forte entre des activités de recherche et de surveillance/référence grâce à une expertise reconnue internationalement. Il est Laboratoire National de Référence (LNR) et Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques marins. Les principaux enjeux de l’unité ASIM sont d’améliorer les connaissances et les données sur les génomes des invertébrés marins et leurs micro-organismes pathogènes, de mieux comprendre les mécanismes évolutifs et adaptatifs des invertébrés marins et micro-organismes pathogènes associés dans leur écosystème, et de pouvoir développer des approches d’analyse de risque dans un cadre plus global « One Health ».

 



Missions principales

Le poste de post-doctorat est financé par un projet ANR JCJC nommé IDEAL.

Vous travaillerez sur la quantification de la contribution des analyses génomiques à la compréhension de la propagation des agents pathogènes marins et à l'identification des facteurs déterminants. Vous serez spécialisé.e en épidémiologie spatiale et moléculaire et viserez à explorer des scénarios contrastés pertinents pour comparer et intégrer des modèles spatio-statistiques et phylogéographiques afin de détecter l'impact des facteurs sur la distribution spatiale et la propagation des agents pathogènes.

 



Activités principales

Vous allez :

  • développer un pipeline de simulation en utilisant un simulateur de chaîne de transmission existant pour simuler des épidémies entières de bivalves marins d'élevage dans l'espace et le temps, puis générer ultérieurement des données d'occurrence et des données moléculaires fictives, compatibles avec des jeux de données réels.
  • comparer à la fois des analyses spatio-statistiques et phylogéographiques pour évaluer dans quelle mesure et dans quelles conditions spécifiques les différentes méthodologies analytiques permettent d'identifier et de quantifier l'impact de facteurs sur la distribution et la dispersion des organismes pathogènes.

Trois aspects recevront une attention particulière :

i) les paramètres épidémiologiques impactés ;

ii) les conditions de suivi et de diagnostic ; 

iii) les taux d'évolution des pathogènes.

Les données simulées dans le cadre des différents scénarios identifiés seront utilisées pour évaluer et comparer les méthodes disponibles pour tester l'impact des facteurs sur la propagation des pathogènes.

Vous serez chargé.e de diriger la publication des résultats de ces recherches.

 



Champ relationnel

  • En interne :

Vous serez supervisé.e par le coordinateur du projet Maude Jacquot (IFREMER, ASIM), chercheur en épidémiologie moléculaire, et travaillerez en étroite collaboration avec les partenaires du projet à l'IFREMER (ASIM, LPI, SeBiMER).

  • En externe :

Vous serez également co-supervisé par Simon Dellicour du Laboratoire d’Epidémiologie Spatiale (SpELL) hébergé à l'Université Libre de Bruxelles (ULB, Belgique), qui est un expert en développements méthodologiques et applications en phylogéographie du paysage. Des réunions régulières à distance avec S. Dellicour seront organisées, et vous lui rendrez visite au SpELL au moins deux fois au cours de votre contrat.

 

 

Profil recherché

  • Vous êtes titulaire d'un doctorat dans un domaine pertinent (épidémiologie spatiale ou moléculaire, biologie computationnelle) obtenu il y a au maximum 3 ans.


Compétences mises en œuvre

Compétences techniques / métiers

  • Connaissance de l'épidémiologie spatiale et moléculaire
  • Maîtrise des outils bio-statistiques et des langages de programmation (R, Python, Shell Linux)
  • Maîtrise des concepts et des outils pour caractériser la diversité génomique et l'évolution spatio-temporelle des organismes pathogènes
  • Compréhension des différentes approches de génotypage moléculaire et de séquençage à haut débit, ainsi que de leurs applications potentielles dans la recherche sur la santé des populations
  • Connaissance sur des organismes pathogènes chez les invertébrés appréciée
  • Maîtrise de la langue anglaise
  • Compétences en coordination de projets
  • Solides compétences en rédaction

Qualités personnelles

  • Autonomie et rigueur
  • Curiosité
  • Capacité à travailler en équipe
  • Capacité de synthèse

 

 

Conditions de travail

  • Contrat de 18 mois à temps complet.
  • Date de démarrage flexible

 

Toutes nos candidatures sont traitées via notre site carrière. Pour plus de renseignements sur le poste, envoyez un message à maude.jacquot@ifremer.fr et simon.dellicour@ulb.be .

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Mer (MinMer), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 03/03/2024

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.