Post doctorat chercheur sur le SARS-CoV2 & l’environnement littoral (H/F) - Nantes, Pays de la Loire, FR - IFREMER

Publiée le: 7/29/2020

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Post doctorat chercheur sur le SARS-CoV2 & l’environnement littoral (H/F)

Référence du poste : PV-2020-836

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Unité de recherche Santé Génétique et Microbiologie des Mollusques Marins

Laboratoire Santé Environnement Microbiologie

Localisation :  Nantes, Pays de la Loire, FR

Durée du contrat : 12 mois

 

Date de clôture de réception de candidatures : 30/08/2020

 

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Description de l'offre:

Les principaux objectifs de l’unité Santé Génétique et Microbiologie des Mollusques (SG2M) sont centrés sur l’acquisition de connaissances dans les domaines de (1) l’amélioration génétique, du contrôle des performances et de la santé des espèces d’intérêt en aquaculture marine avec une spécificité pour les mollusques marins et (2) la qualité sanitaire du milieu côtier littoral et des zones de production de coquillages, en lien avec la santé publique, le changement climatique et l’aménagement durable.

 

Au sein de l'unité SG2M, le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche, relatives aux micro-organismes pathogènes pour l'homme (virus, bactéries et parasites) dans l'environnement marin et les coquillages, pour comprendre les mécanismes de transfert au sein de l’environnement littoral.

 



Missions principales

 

En réponse aux craintes de contamination environnementale par le SARS-CoV-2 issu de rejets humains, ce projet vise à optimiser les méthodes de détection du virus dans l’environnement littoral, à évaluer sa dissémination sur le littoral français et sa capacité de persister dans l’eau côtière.

Le SARS-Cov2 est un virus de la famille des coronavirus. La transmission est aérienne (comme la grippe ou les rhumes hivernaux), avec une très forte contagiosité par l’émission de gouttelettes, surtout au début de l’infection (HCSP, 2020). Au cours de l’infection, des signes digestifs plus ou moins marqués (diarrhée) peuvent apparaitre et le SARS CoV2 est excrété dans les selles des patients. Les concentrations mesurées par quantification du génome viral peuvent être relativement élevée (jusqu’à 107 copies génome/g de selle) tandis que le risque infectieux semble très limité (V. Marechal, données non publiées).

L’excrétion dans les selles entraine la présence de ce virus dans les eaux usées comme démontré par différents travaux en France ou dans divers pays. En réponse à la possible contamination environnementale par le SARSCoV-2 issu de rejets humains, ce projet vise à optimiser les méthodes de détection du virus dans l’environnement littoral, à évaluer sa dissémination sur le littoral français et sa capacité àpersister dans l’eau côtière. En effet sa détection pourrait aider au suivi des clusters sur le territoire national dans les eaux usées (projet OBEPINE) mais également dans les coquillages, considérés ici comme un intégrateur de la contamination (plan d’action Ifremer). Par ailleurs il nous semble opportun de valider un virus de substitution pour évaluer la stabilité de ce virus dans l’eau de mer lors d’émission d’aérosol par des personnes infectées, ou des procédés d’inactivation en cas avérée de contamination des coquillages.

 



Activités principales

Les objectifs de ce travail peuvent se repartir en trois tâches principales :

Tâche 1 : Optimisation des méthodes existantes pour détecter le CoV-2 du SARS et/ou un CoV de substitution :

coronavirus animaux entériques ou respiratoires (collaboration ANSES Ploufragan).

  • Des coronavirus porcins appartenant aux trois genres principaux (alpha, beta, et gamma) seront évalués en terme de similitude avec le SARS-CoV2, leur facilité de réplication in vitro (culture cellulaire) et résistance à des conditions de salinités et de pH.
  • Méthode d’extraction à partir de la matrice coquillage et des eaux de mer littorales: approche en partie réalisée lors de test préliminaires mais qui doivent être approfondi (limite de détection).
  • Calcul des rendements de récupération à partir des matrices, développement de la digitale RT-PCR.
  • Evaluation de la possibilité d’utiliser des capteurs passifs.

 

Tâche 2 : Détection du SARS-CoV-2 dans l'environnement côtier en utilisant les coquillages comme sentinelle pour la qualité virologique de l'eau de mer (Ifremer), participation aux analyses, suivi des prélèvements. Collaboration au sein d’OBEPINE pour suivi dans les eaux usées et lien avec les clusters localisés sur le littoral.

  • Participation aux analyses : suivi des sites avec les collègues des LERs,
  • Validation et synthèse des résultats,
  • Echange avec les principaux acteurs d’Obepine : suivi des résultats pour optimiser l’échantillonnage sur site (localisation de clusters en zone côtière)

 

Tâche 3 : Évaluer le potentiel de persistance du CoV-2 du SRAS dans l'environnement côtier sous une forme

infectieuse, en utilisant plusieurs coronavirus de substitution (avec l’ANSES Ploufragan et CHU Nantes).

  • Sélection de la température et salinité, mise en place d’un plan expérimental
  • Préparation des échantillons : concentration et purification avant mise en contact avec les cellules
  • Persitance dans les coquillages : stabilité du signal RT-PCR après plusieurs jours dans l’huître en bassin ou en bourriche

 

Cette personne aura en charge le suivi du plan d’action en coordonnant les travaux des collègues (suivi et réception des échantillons, organisation des analyses...), en contribuant à la synthèse des résultats, aux échanges avec les divers collaborateurs (au sein de l’Institut, et à l’extérieur). Elle ou il apportera son soutien lors de réunion et rédaction de synthèse.

Sur le plan recherche, il/elle réalisera les expérimentations, rédigera les protocoles, assurera les échanges avec les collaborateurs (ANSES et CHU) et assurera la valorisation des résultats.

 

 

Profil recherché

  • Doctorat en virologie médicale
  • Connaissances en virologie humaine et si possible traitement des échantillons de l’environnement.

 



Compétences mises en œuvre / à acquérir

 

Compétences techniques / métiers

  • Compétence en biologie moléculaire
  • Connaissance virologie de l'environnement (si possible)

 

Qualités personnelles

  • Aptitude à travailler en équipe
  • Rigueur dans la programmation et la mise en œuvre des protocoles
  • Capacité de synthèse
 

 

Toutes nos candidatures sont traitées via notre site carrière. Pour plus de renseignements sur le poste, envoyez votre mail à Soizick.Le.Guyader@ifremer.fr.

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 30/08/2020

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.