Post-doctorat chercheur en microbiologie (H/F) - Roscoff, Bretagne, FR - IFREMER

Publiée le: 9/1/2020

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Post-doctorat chercheur en microbiologie (H/F)

Référence du poste : POST-DOC-2020-845

Structure d'accueil : Département des Ressources Biologiques et Environnement

Unité de recherche Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins

Localisation :  Roscoff, Bretagne, FR

Durée du contrat : 3 ans

 

Date de clôture de réception de candidatures : 31/10/2020

 

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Description de l'offre:

La Station biologique de Roscoff (SBR) constitue un environnement scientifique et logistique idéal au développement du projet de l’équipe Génomique des Vibrios de par la présence des différentes plateformes technologiques auxquelles l’équipe a recours (bioinformatique, imagerie, cristallographie, service mer) et les projets de recherche fondamentaux développés dans les unités (écologie, biologie de microorganismes marins). Réciproquement l’équipe enracine ses questions scientifiques et ses modèles expérimentaux dans les besoins de recherche appliquée que l’Ifremer doit mener (bactéries pathogènes d’huîtres).

Le poste s’intègre dans l’équipe du projet ERC advanced DYNAMIC qui vise à comprendre le rôle des phages dans la dynamique éco-évolutive de vibrios pathogènes d’huîtres creuses.

Sous la supervision de la responsable scientifique du projet, il/elle travaillera en étroite collaboration avec un/une technicien pour la partie expérimentale et un bioinformaticien pour la partie in silico.

 



Missions principales

Il/Elle sera en charge d'un objectif spécifique du projet DYNAMIC, qui est de comprendre les processus co-évolutifs des interactions entre les bactéries et les phages dans la nature.

 



Activités principales

Il/Elle sera en charge des séries temporelles d'échantillonnages consécutifs d'un site de la zone côtière atlantique française (juillet-août 2021 ; juillet 22, 23), avec l’aide des collègues.

  • Isolation et stockage d'isolats de phages et de vibrios, tests d'infection croisée
  • Analyse du “time shift” et de l'adaptation locale
  • Métagénomique de la dynamique des phages
  • Analyse statistique
  • Participation aux tâches de l'équipe (par exemple, préparation des milieux de culture)

Il/Elle travaillera en collaboration étroite avec le CEFE - CNRS Montpellier pour l'analyse statistique. Cette collaboration se traduira par des séjours de courte durée à Montpellier et des échanges réguliers par visioconférence.

 



Champs relationnel

  • En interne : Equipe du projet,  (8 personnes), de l’unité LBI2M à Roscoff (100 personnes et de la station (350 personnes) diverses réunions et séminaires favoriseront les interactions. Des échanges réguliers auront lieu avec l’unité PFOM – Centre Ifremer Bretagne – sites Plouzané/Argenton.
  • En externe (hors Ifremer et hors SBR) : CNRS CEFE Montpellier
 

 

Profil recherché

  • Thèse / PhD en microbiologie, microbiologie environnementale


Compétences mises en œuvre

Compétences techniques / métiers

 

  • Connaissance de l'écologie et de l'évolution
  • Expertise solide dans l'analyse statistique et la gestion des données biologiques (y compris les données multivariées)

 

Qualités personnelles

  • Motivation pour le projet proposé
  • Rigueur et l'organisation des travaux produisant un grand ensemble de données
  • Désir d’apprendre, curiosité et adaptabilité
  • Capacité à travailler en équipe et à communiquer

 

 

 

Conditions de travail

  • Échantillonnage sur le terrain (juillet/août 2021 ; juillet 2022 et 23)
  • Travaux de laboratoire à la SBR (isolement, stockage de phages et de vibrions; tests d'infection croisée ; biologie moléculaire)
  • Courts séjours à Montpellier pour les analyses statistiques

Toutes nos candidatures sont traitées via notre site carrière. Pour plus de renseignements sur le poste, envoyez votre mail à Frederique.Le.Roux@ifremer.fr , responsable scientifique du projet ERC advanced DYNAMIC.

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 04/10/2020

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.