Post-Doc en écologie benthique-Indicateurs d’état écologique (H/F) - Dinard et Brest - IFREMER

Publiée le: 12/3/2022

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Post-Doc en écologie benthique-Indicateurs d’état écologique (H/F)

Référence du poste : PV-2022-1224

Structure d'accueil : Département Oceanographie et Dynamique des Ecosystemes

 

 

Localisation :  Dinard, Bretagne, FR

Durée du contrat : 18 mois

 

Date de clôture de réception de candidatures : 15/12/2022

 

 

Description de l'offre:

Le contrat post-doctoral proposé sera positionné au département Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes (ODE) au sein de l’Unité Littoral à Dinard (10 mois) puis au LEBCO (Laboratoire d’Ecologie Benthique Côtière) à Brest (8 mois).

L’objectif de l’unité DYNECO (Dynamiques des Écosystèmes Côtiers) est d’évaluer la réponse des écosystèmes côtiers à un certain nombre de pressions anthropiques et naturelles. Ses axes de recherche sont : i) les flux de matières dissoutes et particulaires dans les écosystèmes côtiers, ii) la diversité, le fonctionnement et le devenir des communautés et de leurs biotopes et iii) les perturbations à l’échelle des populations. En son sein, le laboratoire d’Ecologie Benthique Côtière (LEBCO) s’intéresse plus particulièrement au déterminisme de la structuration et aux fonctionnalités associées des écosystèmes benthiques côtiers de Manche-Atlantique en lien avec ces pressions.

L'Unité LITTORAL est constituée de neuf Laboratoires Environnement Ressources (LER) couvrant le littoral métropolitain. Ses principales missions portent sur l'observation du littoral, le suivi de la qualité des produits conchylicoles dans le milieu naturel, l'étude des écosystèmes littoraux et conchylicoles et la réalisation d'expertises et d'avis à l'attention des services de l'État. Le Laboratoire Environnement Ressources situé à Dinard (LER-BN) apporte son expertise scientifique sur les écosystèmes côtiers et la qualité des eaux littorales et des ressources conchylicoles exploitées dans ces écosystèmes.

 

Le projet post-doctoral s’inscrit dans le cadre du WP « Indicateurs d’état de conservation des herbiers à zostères » du projet Life MarHa. Ce projet est coordonné à l’échelle nationale par l’Agence Française pour la Biodiversité. L’Ifremer, en charge du volet côtier, s’est engagé à (i) définir des indices pour caractériser l’état de conservation des herbiers en lien avec leur résilience aux changements et à (ii) contribuer au développer développement d’outils qui aideront à la prévention de leur dégradation.

 

Contexte scientifique

Bien qu’ils soient au centre de nombreux travaux de suivis et de recherche, l’état de conservation des herbiers dans le cadre de la Directive Habitat Faune Flore n’est toujours pas correctement défini en raison de leur complexité structurelle (spatiale et temporelle). En réponse à cette difficulté, il est aujourd’hui proposé d’évaluer l’état de conservation des herbiers en définissant un indicateur de nouvelle génération intégrant les connaissances acquises sur leur diversité taxonomique et fonctionnelle.

Un indicateur français « angiospermes », résultant d’un travail collégial, a été établi au début des années 2010 afin de répondre aux exigences de la Directive Européenne Cadre sur l’Eau (Auby et al., 2010). Il a été récemment intercalibré avec les autres Etats et a permis de reclasser les masses d’eau suivies par la DCE.

Afin d'évaluer l’état écologique d’une masse d’eau, la DCE a introduit la notion d’écart par rapport à une situation de référence. Compte tenu des importantes différences qui existent entre les herbiers : salinité, bathymétrie, substrat,… les conditions de référence n’ont pas été choisie par type de masse d’eau mais pour chaque masse d’eau sur la base de données historiques quand elles existent, ou à dires d’experts (cas au Royaume-Uni et aux Pays-Bas). Ces conditions correspondent au « meilleur » état possible des herbiers au cours de la période sur laquelle des données sont disponibles. Ainsi un EQR a été établi pour chaque métrique et la moyenne des trois EQR donne l’état de la masse d’eau pour l’élément de qualité « angiosperme ». Dans le cadre de la DCE, l’état de l’indicateur « angiospermes » est mis à jour de façon régulière. Lorsqu’on ne dispose pas des résultats pour les trois métriques, on se contente de moyenner les deux seules calculables.

Il est par ailleurs établi que le fonctionnement d'un écosystème et sa réponse aux perturbations dépendent partiellement de sa structure spatiale. Ainsi, le degré de fragmentation contrôle assez considérablement la dynamique des populations car il détermine la « qualité » des habitats et leur distribution. Son calcul puis son analyse permettraient de comprendre le fonctionnement des habitats perturbés et/ou modifiés et, éventuellement de proposer des solutions quant à leur restauration. Des approches issues de l'écologie du paysage offrent la possibilité d'analyser cette hétérogénéité spatiale. Il existe pour chaque espèce une hétérogénéité optimale du paysage qui équilibre les aspects « positifs » et « négatifs » de la fragmentation, considérée comme l'une des causes de l'érosion de la biodiversité. Il est donc pertinent de considérer les métriques spatiales dans l’approche de développement d’indicateurs des herbiers.

 

 



Missions principales

 

Ce projet fait partie intégrante du projet MARHA et repose essentiellement sur l’exploitation des données acquises dans les différents Work-Packages des projets Marha (Fonctionnalité, modélisation, connectivité, distribution des herbiers et données environnementales) et INDIGENE (Diversité génétique) en vue d’améliorer notre compréhension de leurs variabilités naturelles et des effets des activités anthropiques sur ces systèmes.

 

Le/la candidat(e) sera impliqué(e) dans le projet MarHa au sein duquel il/elle travaillera directement avec Touria Bajjouk (Ifremer, Dyneco/Lebco, Plouzané), responsable du volet côtier de Marha, Nicolas Desroy (Ifremer, LERBN, Dinard), co-responsable du WPs « Indicateurs » ainsi que Jérôme Fournier, chercheur en écologie marine (CNRS, MNHN Concarneau). Il/Elle interagira également avec Flavia Nunes (Ifremer, Dyneco/Lebco, Plouzané) pour le volet génétique des herbiers et la biodiversité de la faune associée.

 

Il/elle développera ses recherches sur l’élaboration d’indicateurs d’états de conservation des herbiers marins de zostères selon deux axes principaux :

 

Axe 1 :

Dans le cadre du projet MARHA, une étude a été conduite sur les herbiers à Z. marina et Z. noltei sur quatre sites (baie de Saint-Malo, golfe du Morbihan, bassin d’Arcachon et étang de Thau) afin comprendre le lien entre certaines caractéristiques structurelles (âge et niveau de fragmentation) et fonctionnement des herbiers (rôle dans le cycle du carbone, diversités taxonomique et fonctionnelle). Pour chacun de ces sites, l'échantillonnage a été effectué au sein de trois modalités : cœur d’herbier (zone stable), périphérie d’herbier (zone dynamique) et sédiment nu (zone adjacente). Les variables morphologiques (longueur des feuilles, recouvrement…), certaines fonctions [capacité de stockage de carbone (organique et inorganique), production nette de la communauté, devenir de la matière organique, richesse spécifique et fonctionnelle de l’épifaune] ont été étudiées de façon saisonnière (printemps, été, automne, hiver) entre janvier 2020 et mai 2021. Concernant Z. marina, les données relatives à la diversité taxonomique de l’épifaune montrent des résultats contrastés selon les sites. Les zones d’absence d’herbiers à Thau et d’herbiers dans le Golfe du Morbihan présentent des abondances et biomasses d’épifaune vagile bien supérieures aux autres sites d’études (ces valeurs sont toutefois associées à d’importants écart-types). A l’inverse, les zones d’absence d’herbiers sur le site de Dinard abritent les plus faibles abondances et biomasses. A titre de comparaison, les résultats de Jackson (2003), acquis autour de l’île de Jersey, montrent pour leur part une réduction de la densité de petits crustacés et petites espèces de poissons avec l’augmentation de la fragmentation des herbiers. 

L’objectif de cette étude est donc de développer ou adapter un (des) indices relativement simple(s) et transposable(s) pouvant être utilisé(s) sur l’ensemble de l’aire de distribution de Z. marina et Z. noltei à partir des indices de diversité taxonomique et fonctionnelle ou des variables morphologiques mesurés sur les différents sites. Il s’agira dans un premier temps de tester les relations existantes entre les paramètres mesurés et les caractéristiques de l’herbier et, dans un second temps, de dériver un indicateur à partir des variables les plus corrélées.

 

Axe2 :

Si des métriques de diversité fonctionnelle  telle que envisagés par le projet MarHa (traits fonctionnels et diversité trophique) et de diversité génétique telle que étudiée par le projet INDIGENE permettent de contribuer à une meilleure connaissance des processus écologiques et fonctionnels des herbiers et leur dynamique, ces dernières peuvent néanmoins être enrichies par d’autres métriques relatives à leur organisation spatiale spécifique et à l’environnement dans lequel les herbiers se développent. Ce 2ème axe du projet permettra d’aborder la question du contrôle de la diversité benthique par la fragmentation physique ou la stabilité spatio-temporelle des herbiers pour aider à  mieux comprendre les phases d’expansion et de contraction des herbiers.

A noter que cet axe ne sera exploré que sur un nombre réduit de site selon la disponibilité des données nécessaires. L’objectif, à terme, est d’identifier les métriques spatiales, géométriques et topologiques, pertinentes pouvant servir d’indicateurs de l’état de conservation et des degrés de perturbation des herbiers.

 



Activités principales

 

Le/la candidat(e) aura en charge de  :

  • La synthèse et ’intégration des connaissances sur la biodiversité, les contaminants et l'environnement acquises par l’ensemble des workpackages du volet côtier de Marha et d’INDIGENE.
  • L’analyse statistique et le développement d’indicateurs d’état de conservation pour le suivi à long terme des herbiers marins. Son travail permettra de faire émerger des variables simples, faciles et rapides à mesurer qui rendent compte de processus plus complexes, en vue de l’aide à la gestion.
  •  La contribution à la rédaction du rapport de synthèse du volet Côtier
  • La valorisation des résultats via :
    • La soumission des résultats dans une revue internationale à comité de lecture de rang A.
    • Communications dans des conférences nationales ou internationales

 

Le/ La candidat(e) participera aux réunions du projet et présentera régulièrement l'avancée de ses travaux à l’équipe et/ou lors des séminaires organisés dans le cadre du projet.

 



Champs relationnel

  • En interne : Sous la responsabilité des coresponsables du WP « Indicateurs d’état de conservation » le/la candidat(e) travaillera en étroite collaboration avec la personne en charge du volet « fonctionnalité de l’habitat herbier ». Il/elle interagira avec les chercheurs, ingénieurs et techniciens impliqués dans les projets Marha et INDIGENE.

 

  • En externe : le/la candidat(e) interagira avec le équipes MNHN, OFB impliquées dans le projet Life Marha et potentiellement avec ses partenaires.

 

 

Profil recherché

  • Le/La candidat(e) sera titulaire d’un doctorat en biologie ou écologie marine. I
  • l/Elle devra posséder de fortes compétences en analyse de données (statistique et géo-traitements spatialisés) et une grande capacité de synthèse.
  • Des compétences dans le développement d’indicateurs écologique ainsi que des connaissance dans le domaine de la biologie de conservation sont fortement souhaitées.
  • Le/La candidat(e) aura démontré de bonnes capacités à rédiger et publier plusieurs articles scientifiques en anglais.

 



Compétences mises en œuvre

 

Compétences techniques / métiers

  • Bonnes connaissances des problématiques d'écologie marine
  • Compétences en analyse de données multivariées
  • Bonne maîtrise du langage de programmation statistique R
  • Expérience dans le développement d’indicateurs écologiques fortement souhaitée
  • Pratique des outils SIG et affinité pour l’écologie du paysage très appréciées
  • Qualités rédactionnelles

 

Qualités personnelles

  • Rigueur et méthode et prises d’initiatives
  • Sens de l’organisation
  • Esprit de synthèse et d’ouverture

 

 

Conditions de travail

  • Temps plien
  • Le contrat post-doctoral proposé sera positionné au département Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes (ODE) au sein de l’Unité Littoral à Dinard (10 mois) puis au LEBCO (Laboratoire d’Ecologie Benthique Côtière) à Brest (8 mois).

 

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Mer (MinMer), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 15/12/2022

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.