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Ingénieur en bio-informatique (H/F) - Brest - IFREMER

Publiée le: 2/7/2019

Résumé de l'offre

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Ingénieur en bio-informatique (H/F)

Référence du poste : PV-2019-039

Structure d'accueil :  Département Infrastructures de Recherche et Systèmes d'Information

Service Bio-informatique

Localisation :  Brest, Bretagne, FR

 

Date de clôture de réception de candidatures : 13/03/2019

 

 

 

 

Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer contribue, par ses travaux et expertises, à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissances, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe.

 

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, et du ministère de la Transition écologique et solidaire.

 

Description de l'offre :



La structure d’accueil

Le département "Infrastructures de Recherches et Systèmes d’Informations" (IRSI)  est chargé de développer et de gérer les infrastructures informatiques communes de l'Ifremer et le centre de données océanographiques, avec une position de leader aux niveaux national et européen.

Il assure des services en continu et réalise des projets dans le but de créer ou d'améliorer les infrastructures de recherche marine :

  • Les systèmes d’information de données marines
  • Les infrastructures et facilités du réseau informatique
  • Le système d’observation Euro-Argo dans le cadre du programme mondial ARGO

Ifremer s’est doté depuis 2010 d’un service de bio-informatique, positionné au sein du département IRSI, et qui s'appuie notamment sur les ressources de calcul du Pôle de Calcul et de Données pour la Mer.

Placé sous la responsabilité du chef du service de bio-informatique, le/la candidat(e) retenu(e) viendra renforcer l’équipe actuellement en place, et qui a vocation à monter en charge dans les années à venir.



Missions principales

Ce poste vise à renforcer la capacité du service de bio-informatique à répondre aux sollicitations des projets scientifiques émanant d’une des unités utilisatrices dans les domaines du méta-barcoding et de la méta-génomique. Il s’agit donc d’une activité de support « projets » aux unités de recherche de l’IFREMER et de ses UMRs.

Les activités d’Ifremer amènent très souvent à réaliser des prélèvements, qu’il faut ensuite analyser (par ex : ADN environnemental) ; les techniques bio-informatiques répondant à cet objectif peuvent donc apporter un plus à ce processus.

Elle/ Il aura pour mission principale de participer à l’analyse de données environnementales (metabarcoding, metagenomique) en relation avec les équipes de recherche de l’Ifremer.



Activités principales

Gestion de projets bioinformatique en lien avec les laboratoires de recherches,

Mutualisation, au sein du Service Bioinformatique, des moyens informatiques et des méthodes d’analyse de données bioinformatiques,

Accompagnement des équipes de recherche de l’institut dans l’utilisation des services du service de Bioinformatique :

            - En participant au support des analyses de données de type metabarcoding et metagenomique

            - En sélectionnant et mettant au point des pipelines d’analyses adaptés aux projets pris en charge

            - En préparant et en animant les formations thématiques à destination des équipes de recherche.



Champs relationnel

  • En interne :

Membres du Service de Bioinformatique gérant les ressources bioinformatiques de l’Ifremer.

Unités Ifremer de recherche utilisatrices des outils d’analyse « omiques ».

  • En externe :

Plateformes bio-informatiques françaises,

Scientifiques des UMRs qui collaborent avec l'Ifremer.

 

 

Profil recherché

Bac +5 minimum en bio-informatique ou bio-statistique avec compétences en analyse de données omiques ou équivalent.

2-3 ans d’expérience nécessaire en analyse de données environnementales.



Compétences mises en œuvre

  • Compétences techniques / métiers

- Connaissances en analyse de données de métabarcoding et métagénomique

- Connaissances en écologie des communautés et écosystèmes

- Système d’exploitation Unix/Linux, connaissance des clusters de calcul

- Aptitude à programmer des scripts d’analyse pour cluster de calcul

- Des connaissances en analyses statistiques serait un plus (maîtrise de R)

- Bon niveau d’anglais

  • Qualités personnelles

- Très bonne organisation et autonomie

- Aisance relationnelle et sens du service

- Disponibilité et capacité à travailler en équipe

- Capacité d'analyse, esprit de synthèse, dynamisme

- Bonnes aptitudes à la communication et à la présentation écrite et orale (En français et en anglais)

 

 

Temps plein.

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 13/03/2019

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