Alternance Ingénieur en bioinformatique (H/F) - Brest - IFREMER

Publiée le: 5/19/2020

Résumé de l'offre

  • Type de contrat:
    Alternance
  • Lieu:
    Brest
  • Type d'offre:
  • Publiée le:
    5/19/2020

Description de l'offre

Poste à pourvoir: Alternance Ingénieur en bioinformatique (H/F)

Référence du poste : PV-2020-800

Structure d'accueil : Département Infrastructures de Recherche et Systèmes d'Information

Service Bio-informatique

Localisation :  Brest, Bretagne, FR

Durée du contrat : 24 mois

 

Date de clôture de réception de candidatures : 21/06/2020

 

 

L’Institut

Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer, a pour mission de contribuer à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissance, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.

L'Institut est structuré en quatre composantes principales :

  • une composante scientifique et technologique organisée en quatre départements ;
  • l’appui à la recherche organisé en cinq directions fonctionnelles (ressources humaines, affaires juridiques et financières, innovation, communication, affaires internationales et européennes) et en une agence comptable ;
  • une composante territoriale organisée en cinq centres (Bretagne, Méditerranée, Mer Manche du Nord, Atlantique, Pacifique) ;
  • la direction de la flotte océanographique française en charge de cette très grande infrastructure de recherche.

Aujourd’hui, l’Institut compte environ 1 500 collaborateurs.

 

Description de l'offre:

  • Présentation de la structure d’accueil

Le Service de Bioinformatique de l'Ifremer (SeBiMER), rattaché au Département IRSI, propose un accompagnement aux projets de recherche en biologie de l’IFREMER et de ses UMRs. Le SeBiMER mutualise les moyens, les ressources et les connaissances, participe au montage, à la réalisation et au suivi des projets, et  joue un rôle dans la valorisation des résultats.

  • Introduction du poste à pourvoir et de sa position dans l'organigramme

Contexte :

La révolution apportée par les générations successives de séquenceurs est maintenant en marche dans l’ensemble des disciplines biologiques à Ifremer. De nombreux laboratoires ont désormais des assemblages d’espèces diverses allant de virus jusqu’à des organismes métazoaires. La complexité des génomes est complètement imprédictible et reste un sujet de recherche fondamentale mais avec des applications industrielles certaines. L’assemblage et l’annotation de génomes sont fédérateurs de communautés. Cependant la technicité demandée pour ces étapes est souvent un frein pouvant être levé via des navigateurs génomiques.

Objectifs :

L’objectif est de mettre en place un navigateur génomique pour l’institut et d’y mettre l’ensemble des espèces ayant déjà des ressources génomique, transcriptomique et protéomique. Cette plateforme de visualisation permettra d’avoir une visibilité nationale et internationale sur les espèces emblématiques de l’institut et de centraliser les connaissances.

Le sujet est orienté sur de l’intégration de différents logiciels existants en vue de proposer une plate- forme web répondant aux besoins de plusieurs laboratoires de l’Ifremer (cf. ci-dessous). Des applications du navigateur de génomes seront réalisées avec les données disponibles de génomes modèles d’organismes marins : l’huitre (Crassostrea gigas et Pinctada margaritifera) et une microalgue (Tisochrysis lutea).



Missions principales

Cette alternance vise à mettre en œuvre un navigateur « Génomique-Transcriptomique-Protéomique » pour espèces modèles Ifremer.



Activités principales

1- Synthèse bibliographique des genome browsers existants et sélection du meilleur genome browser répondant à nos attentes. Intégrer le fait que cet outil doit être utilisé par une large communauté et que l’expérience utilisateur doit être la plus intuitive et ergonomique possible. Intégrer également les contraintes serveurs et le stockage de données en lien avec le supercalculateur DATARMOR.

2- Mettre au point dans un premier temps un genome browser avec une espèce ayant un petit génome et avec plusieurs sources d’informations disponibles pour tester la visualisation de plusieurs couches d’information (génome, annotation, transcriptomique, protéomique, variant). Anticiper l’apparition de nouveaux formats de données (pan-génome, épigénétique, régions de contacts).

3- Mettre au point des méthodes automatiques et ergonomiques pour intégrer des sources d’informations variées (transcriptome et proteomique) dans la visualisation du genome browser.

4- Intégrer des outils ergonomiques pour réaliser une édition des données (annotation manuelle) directement ou indirectement via le genome browser.

5- Intégrer des outils communautaire (chat, alerte mail...) facilitant le travail en équipe sur ces organismes.

6- Documenter et organiser plusieurs tests avec des publics variés pour s’assurer que l’expérience utilisateur est bonne et adaptées aux besoins.

 

 

Profil recherché

Formation initiale et expériences professionnelles attendues.

 

  • Master 2 en bioinformatique
  • ou Ecole d'ingénieur en informatique

 

  • Compétences techniques / métiers

Savoirs, savoirs faire

  • Connaissance de la programmation (client/serveur, web, Python, shell)
  • Connaissance de l'environnement Linux
  • Connaissance en biologie/génomique

 

  • Qualités personnelles

Savoir-être

  • Aisance relationnelle
  • Disponibilité et capacité à travailler en équipe
  • Capacité d'analyse, esprit de synthèse, dynamisme
  • Bonnes aptitudes à la communication et à la présentation écrite et orale (En français et en anglais)

 

 

 



Champs relationnel

  • En interne : SeBiMER

 

  • En externe : Ce projet sera supervisé par le Service de Bioinformatique de l’Ifremer (SeBiMER) en lien avec les équipes de biologistes des sites Ifremer de Nantes (PBA), La Tremblade (SGMM), Montpellier (IHPE) et Tahiti (RMPF).

 

 

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 21/06/2020

Toutes nos candidatures sont traitées exclusivement via notre site Carrières.